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陈寅恪从1953年9月开始撰写《论再生缘》，同年同月，他在《广州赠别蒋秉南》七绝二首之二中写道：
孙盛阳秋海外传，所南心史井中全。文章存佚关兴废，怀古伤今涕泗涟。
所谓“所南心史”：即“郑思肖的《心史》”之意。“所南”即郑思肖，宋末爱国诗人，字忆翁，号所南，南宋淳钓元年出生。从小侍父读书，后为太学上舍生。据多种史料记载，明末（崇祯年间）,苏州吴中久旱，抗旱者在一口古井里发现一具铁函，里面即保藏郑思肖这部“心史”，后争相传抄、刊刻。这部诗文集是中国历史上的奇书，不仅内容奇，而且作者奇、书稿的保藏奇、发现奇、刊刻的经过奇、刊行后的遭遇亦奇。（参见陈福康《井中奇书考》）。
所谓“孙盛阳秋”：即“孙盛春秋”、“孙盛心史”等意。孙盛：东晋人；晋时为避简文帝郑太后之讳“春”字，就连《春秋》也不得不改称为《阳秋》；东晋人孙盛之《晋阳秋》、刘宋时檀道鸾所著《续晋阳秋》等，都是因郑太后之故，书名中以“阳”字代替“春”字；连“富春县”也不得不改成“富阳”。据《晋书•孙盛传》，孙氏所撰“《晋阳秋》词直而理正，咸称良史”，其中如实记载了桓温枋头之战失利事，桓温要求删改，并威胁“若此史遂行，自是关君门户事”。孙盛诸子要父亲为全家百口计改动原作，孙盛不从，但“诸子遂尔改之”，孙盛就写了两定本寄往辽东以存其真。
《论再生缘》初稿成于1954年，陈先生自出资油印105册，并曾流入境外。1964年，陈先生又为该书写了《校补记后序》云：
论再生缘一文乃颓龄戏笔，疏误可笑。然传播中外，议论纷纭。因而发现新材料，又为前所未知者。自应补正。兹辑为一编，附载简末，亦可别行。至于原文，悉仍其旧，不复改易。盖以存著作之初旨也。噫！所南心史，固非吴井之藏。孙盛杨秋，同是辽东之本。点佛弟之额粉，久已先干。裹王娘之脚条，长而更臭。知我罪我，请俟来世。
一九五八年秋天，余英时偶然在美国麻省剑桥发现了该书该书油印本，他读了之后，“在精神上、感情上都受到极大的震动。他后来写下如下的一段话：
……我个人在精神上、感情上都受到极大的震动；深觉这不是一篇普通的考证文字，因为字里行间到处跃动着作者的情感与生命。尤其是全文不仅充满了家国兴亡的感慨，而且随处附见他自己所写的诗篇。陈先生治佛教及文学史，最重视著作的体例。所以他解释《长恨歌》首先要说明“文体之关系”，读《洛阳伽蓝记》则发明僧徒“合本自主”的题材。甚至他自传《隋唐制度渊源略论稿》也特别声明其书体制是“微仿天竺佛教释经论之例”。所以《论再生缘》一文的特殊风格乃出于陈先生的自觉的选择。其目的便是为了使“家国兴亡哀痛之情感，于一篇之中，能融化贯澈。”（《论再生缘》中语））我当时自信颇识作者用心，所以写了一篇《陈寅恪先生〈论再生缘〉书后》[7]，发表在香港一九五八年十二月号的《人生》杂志上。……我在《〈论再生缘〉书后》一文中，曾指出陈先生考证《再生缘》具有两重意义：一是感怀身世，寓自伤之意；一则是感慨世变，抒发其对极权政治的深恶痛绝之情。所以文中附载各诗，合而视之，便是一代之史。但是二十四年之前（一九五八），我所能接触到的资料只有《论再生缘》一文，因此所得结论或者尚不足以完全使人信服。现在《柳如是别传》与《诗存》都已刊布，再加上蒋天枢先生的《编年事辑》，陈先生晚年生活和心情大体已很清楚。这些新材料不但证实了海外人士长期以来的观察与推断，而且更提供了无数具体的事实，说明陈先生晚年是如何一直在不屈不挠地维护着文化与学术的尊严。……最后，……
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陈寅恪晚年结局大略：
1966年“文革”爆发，早就双目失明、一条腿伤残，行走不便的陈寅恪从肉体到心灵，饱受摧残；尽管他多次写书面检查交待声明“我生平没有办过不利于人民的事情。我教书四十年，只是专心教书和著作，从未实际办过事”，但无济于事，一浪高过一浪“触及灵魂”的“斗争”大潮，一次次地侵凌其身心。伴随“文革”的愈演愈烈，陈寅恪由原来的“资产阶级反动学术权威”，也水涨船高地被扣上“牛鬼蛇神”、“封建余孽”、“死不改悔的走资派”之类的高帽子，同时被指斥为大肆挥霍国家财产，享受高级护理待遇，有意污辱为其理疗的年轻女护士等的“罪魁祸首”。当原中南第一书记、后调往中央的陶铸被打倒以后，一度颇受陶铸关怀的陈寅恪，自然受到株连，遭受更残酷的批判。当接连得知当年劝自己北上却吃了闭门羹的弟子、北京大学历史系教授汪篯自杀，许多好友、同仁惨遭不幸的消息后，陈寅恪痛心疾首，心力交瘁；助手黄萱被赶走，护士被撤离，工资停发，存款冻结后，其处境更趋凄惨；由于连其住宅之门脸、衣柜、床头，甚至衣服上都贴满了大字报，使其夫妇终日惶惶不安；而造反派们却以此为乐，继而对其抄家，查封书籍，劫掠手稿和几经劫难得以保存的极少珍藏。一有风吹草动，夫人唐筼总是挺身而出保护他，以至屡屡被殴打。
1967年夏天，唐筼被折磨得心脏病发作，生命垂危，陈寅恪担心妻子先他而去，预先写下一副挽联：涕泣对牛衣，卌载都成肠断史；废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。（卞僧慧，卞学洛：《陈寅恪先生年谱长编（初稿）》，中华书局2010年版）这就是现在社会上盛传的所谓《挽晓莹》。
唐筼又名“晓莹”。造反派见陈寅恪被整得惊魂丧魄，又故意把几只大型的高音喇叭吊至他的屋后，以至使患严重失眠症与心脏病的他，一听见喇叭声就吓得尿裤子，造反派却还不甘心，进而将高音喇叭干脆绑到其床头……1969年春节后，生命垂危的陈寅恪一家被勒令迁至四面透风的平房居住。他病体衰弱得只能每天进一点儿“流食”，偶有亲友偷来看望，唯见其眼角滴泪而不能语；5月5日下午，病势沉重的陈寅恪再次被迫作口头交代，“我现在譬如在死囚牢中……”呻吟哀鸣，以至泣血而不能言，延至10月7日晨5时多，终衔冤负屈而去。
此前的1964年，陈寅恪在《赠蒋秉南序》中云：“凡历数十年，遭逢世界大战者二，内战更不胜计。其后失明膑足，栖身岭表，已奄奄垂死，将就木矣。默念平生，固未尝侮食自矜，曲学阿世，似可告慰友朋。至若追踪前贤，幽居疏属之南、汾水之曲，守先哲之遗范，托末契于后生者，则有如方丈蓬莱，渺不可即，徒寄之梦寐，存乎遐想而已。呜呼！此岂寅恪少时所自待及异日他人所望于寅恪者哉？”又说:“虽然，欧阳永叔少学韩昌黎之文，晚撰《五代史记》，作《义儿》、《冯道》诸传，贬斥势利，尊崇气节，遂一匡五代之浇漓，返之纯正。故天水一朝之文化，竟为我民族遗留之瑰宝。孰谓空文于治道学术无裨益耶？”此篇泣血滴泪之序文，是陈寅恪生命中的一曲悲歌，是一个文化殉道者的独白，同时也是一位虽九死而不悔的学术老人留给这个世界的一个隐语。
陈寅恪与唐筼相继逝世后，二人的骨灰先是寄存火葬场，后寄存银河公墓，因“文革”问题一直未能真正平反，各地政府不愿接受寅恪先生的遗骨。直到1993年才与夫人合葬于江西庐山植物园，是为陈寅恪墓，墓碑旁一大石上镌刻陈先生终生恪守的“独立之精神，自由之思想”（画家黄永玉题）。从此，一代国学大师在去世二十四年后终于入土为安。
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